אולפנת השומרון אלקנה שואפת להיות בית חינוך המחנך לאהבת תורה, יראת שמים וקיום מצוות מתוך שמחה והתלהבות ולאהבת העם והארץ מתוך שותפות בישוב הארץ ומעורבות חברתית וקהילתית. כל זאת מתוך דרך ארץ שקדמה לתורה, נטילת אחריות אישית ואכפתיות.

האולפנא פועלת מתוך אמון בטוב של כל אחת, ושמה דגש על מימוש הפוטנציאל של כל תלמידה, הן בתחום הלימודי והן בתחום המידות, הערכים והאמונה, ומכוונת לתהליך למידה מעשיר וחוויתי כערך.